La metodología utilizada se basa en la educación popular siendo innovadora, reflexiva, interactiva, esencialmente visuales y con técnicas participativas que les permitan a las mujeres su empoderamiento. Educar en los centros de mujeres IXCHEN es contribuir a la transformación de poder en la sociedad y en la familia para la construcción de una democracia participativa en donde las mujeres con conocimiento e informadas puedan tomar sus propias decisiones.

Entre los métodos utilizados fueron las Charlas teatralizadas, se realizaban dramatizaciones sobre casos donde se escenificaban situaciones sobre salud sexual y reproductiva, violencia contra la mujer y otros temas relacionados sobre la vida cotidiana de las mujeres donde interactuaba con la educadora involucrando al público en la reflexión y acción.